Alexandre Dubé, MSc
Professionnel de recherche / Responsable de laboratoire
e-mail: alexandre.dube.4 [at] ulaval.ca
Biographie
J’ai commencé un baccalauréat en biochimie en 2006 à l’Université Laval. Durant la première année, j’ai réalisé qu’il était important de commencer tôt dans la recherche. J’ai cherché un stage et j’en ai trouvé un dans le laboratoire du Pr Yves Bourbonnais. Le but de mon stage était d’étudier l’effet des mutations sur l’activité antimicrobienne d’un peptide. Au cours des semestres suivants, le Pr Bourbonnais m’a fait découvrir le merveilleux monde de Saccharomyces cerevisiae en m’orientant vers le projet d’une doctorante de son laboratoire : Isabelle Gagnon-Arsenault. J’ai appris à utiliser cet organisme modèle en étudiant l’activation et la maturation d’une endopeptidase (Yps1) impliquée dans la réponse au stress et la régulation de la paroi cellulaire.
Ayant apprécié mon temps en recherche, j’ai décidé de commencer une maîtrise en biochimie en 2009 également dans le laboratoire du Pr Bourbonnais. Durant ces deux années, j’ai étudié la fonction de la boucle d’activation de Yps1p qui m’a montré l’importance des modifications post-traductionnelles dans la régulation des processus cellulaires. Parallèlement, j’ai également tenté d’identifier des gènes impliqués dans l’ancrage membranaire d’une classe spécifique de protéines : les protéines à ancrage glycosylphosphatidylinositol (GPI). Cette partie de mon projet m’a donné un aperçu de la recherche à haut débit, puisque j’ai étudié la sécrétion de protéine GPI chez plus de 5000 mutants de levure. J’ai eu l’occasion de présenter mes résultats à Vancouver lors d’une conférence internationale sur la levure. Ma maîtrise m’a aussi donné l’occasion de rencontrer Christian, puisqu’il faisait partie de mon comité d’encadrement.
En 2011, j’ai terminé ma maîtrise et j’ai décidé d’aller sur le marché du travail. C’est à ce moment-là que Christian m’a embauché comme professionnel de recherche. Dans son laboratoire, j’ai appris l’évolution et la spéciation et j’ai approfondi mes connaissances sur la fonctionnalité des protéines. Après 4 ans, je suis retourné au laboratoire du Pr Bourbonnais pendant 1 an durant lequel j’ai approfondi mes connaissances sur la régulation du métabolisme de la levure et sur le rôle central des lipides dans les systèmes biologiques. Je suis de retour dans le laboratoire de Christian et je travaille désormais au développement de nouvelles techniques avec le système d’édition du génome CRISPR/Cas.
Intérêts
Je suis particulièrement intéressé à comprendre comment une mutation dans la séquence protéique peut affecter sa stabilité et sa fonction. J’utilise des méthodes telles que les tests de complémentation de fragments protéiques (PCA), CRISPR/Cas et l’évolution expérimentale pour mieux comprendre ces effets. Dernièrement, je me suis intéressé à comprendre l’effet que l’environnement peut avoir sur la composition des membranes et comment une cellule réagit à un déséquilibre de la composition lipidique.
Publications
Bradley D*, Hogrebe A*, Dandage R, Dubé AK, Leutert M, Dionne U, Chang A, Villen J, and Landry CR. The fitness cost of spurious phosphorylation. The EMBO Journal (2024)
Després PC, Dubé AK, Picard ME, Grenier J, Shi R, and Landry CR. Compensatory mutations potentiate constructive neutral evolution by gene duplication. Science 385 (6710), 770-775 (2024)
Rouleau FD, Dubé AK, Gagnon-Arsenault I, Dibyachintan S, Pageau A, Després PC, Lagüe P, and Landry CR. Deep mutational scanning of Pneumocystis jirovecii dihydrofolate reductase reveals allosteric mechanism of resistance to an antifolate. PLOS Genetics 20 (4):e1011252 (2024)
Evans-Yamamoto D*, Parallel nonfunctionalization of CK1δ/ε kinase ohnologs following a whole-genome duplication event. Molecular Biology and Evolution, msad246 , Saha G*, Plante S, Bradley D, Gagnon-Arsenault I, and Landry CR. (2023)
Lemieux P, Bradley D, Dissection of the role of a SH3 domain in the evolution of binding preference of paralogous proteins. Genetics, iyad175 , Dionne U, and Landry CR. (2023)
Després PC, Dubé AK, Yachie N, and Landry CR. High-throughput gene mutagenesis screening using base edititng. Yeast Functional Genomics pp 331-348 (2022)
Dubé AK, Dandage R, Dibyachintan S, Dionne U, Després PC, and Landry CR. Deep mutational scanning of PPIs between partners expressed from their endogenous loci. Yeast Functional Genomics pp 237-259 (2022)
Ascencio D, Diss G, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK, DeLuna A, & Landry CR, Expression attenuation as a mechanism of robustness against gene duplication. PNAS 118 (6) (2021)
Després PC, Dubé AK, Seki M, Yachie N, Landry CR. Perturbing proteomes at single residue resolution using base editing. Nature communications 11 (1), 1-13 (2020)
Marchant A, Cisneros A, Dubé A, Gagnon-Arsenault I, Ascencio D, Jain H, Aubé S, Eberlein C, Evans-Yamamoto D, Yachie N & Landry C, The role of structural pleiotropy and regulatory evolution in the retention of heteromers of paralogs. eLife 8: e46754 (2019)
Bleuven C, Dubé AK, Nguyen GQ, Gagnon-Arsenault I, Martin H, and Landry CR, A collection of barcoded natural isolates of Saccharomyces paradoxus to study microbial evolutionary ecology. MicrobiologyOpen 8 (7), e00773 (2019)
Durand E, Gagnon-Arsenault I, Hallin J, Hatin I, Dubé A, Nielly-Thibault L, Namy O and Landry CR, Turnover of ribosome-associated transcripts from de novo ORFs produces gene-like characteristics available for de novo gene emergence in wild yeast populations. Genome Research 29 (6), 932-943 (2019)
Després PC, Dubé AK, Nielly-Thibault L, Yachie N, Landry CR. Double selection enhances the efficiency of target-AID and Cas9-based genome editing in yeast. G3: Genes, Genomes, Genetics 8 (10), 3163-3171 (2018)
Chrétien AE, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK, Barbeau X, Després PC, Lamothe C, Dion-Côté AM, Lagüe P & Landry CR, Extended linkers improve the detection of protein-protein interactions (PPIs) by dihydrofolate reductase protein-fragment complementation assay (DHFR PCA) in living cells. Molecular & Cellular Proteomics 17:373-383 (2018)
Eberlein C, Nielly-Thibault L, Maaroufi H, Dubé AK, Leducq JB, Charron G & Landry CR, The rapid evolution of an onholog contributes to the ecological specialization of incipient yeast species. Molecular Biology and Evolution 34:2173-2186 (2017)
Filteau M, Hamel V, Pouliot MC, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK & Landry CR, Evolutionary rescue by compensatory mutations is constrained by genomic and environmental backgrounds. Molecular Systems Biology 11:832 (2015)
Rochette S, Diss G, Filteau M, Leducq JB, Dubé AK & Landry CR, Genome-wide protein-protein interaction screening by protein-fragment complementation assay (PCA) in living cells. Journal of Visual Experiment e52255 (2015)
Dubé AK, Bélanger M, Gagnon-Arsenault I & Bourbonnais Y, N-terminal entrance loop of yeast Yps1 and O-glycosylation of substrates are determinant factors controlling the shedding activity of this GPI-anchored endopeptidase. BMC Microbiology 15:50 (2015)
Filteau M, Diss G, Torres-Quiroz F, Dubé AK, Schraffl A, Bachmann VA, Gagnon-Arsenault I, Chrétien AÈ, Steunou AL, Dionne U, Côté J, Bisson N, Stefan E & Landry CR, Systematic identification of signal integration by protein kinase A. Proceedings of the National Academy of Sciences 112:4501-4506 (2015)
Leducq JB, Charron G, Samani P, Dubé AK, Sylvester K, James B, Almeida P, Sampaio JP, Hittinger CT, Bell G & Landry CR, Local climatic adaptation in a widespread microorganism. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 281:20132472 (2014)
Charron G, Leducq JB, Bertin C, Dubé AK & Landry CR, Exploring the northern limit of the distribution of Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces paradoxus in North America. FEMS Yeast Research 14:281-288 (2014)
Diss G, Dubé AK, Boutin J, Gagnon-Arsenault & Landry CR, A systematic approach for the gentic dissection of protein complexes in living cells. Cell Reports 3:2155-2167 (2013)
Freschi L, Torres-Quiroz F, Dubé AK & Landry CR, qPCA: a scalable assay to measure the perturbation of protein-protein interactions in living cells. Molecular BioSystems 9:36-43 (2013)
Gagnon-Arsenault I, Marois Blanchet FC, Rochette S, Diss G, Dubé AK & Landry CR, Transcriptionnal divergence plays a role un the rewiring of protein interaction networks after gene duplication. Journal of Proteomics 81:112-125 (2013)
Leducq JB, Charron G, Diss G, Gagnon-Arsenault I, Dubé AK & Landry CR, Evidence for the robustness of protein complexes to inter-species hydridization. Plos Genetics 8:e1003161 (2012)